Al-Rajhi, del equipo Toyota Overdrive Racing, terminó a poco más de tres minutos del cinco veces ganador del Dakar, el qatarí Nasser Al-Attiyah, que ganó la etapa de 357 km entre Riad y Haradh, mientras que el sudafricano Lategan ocupó la undécima posición.
Lategan, líder de la general desde la segunda etapa, vio reducida su ventaja a 21 segundos tras la etapa del domingo, pero su victoria del lunes le permitió recuperar los cinco minutos y 41 segundos de ventaja.
Al-Rajhi terminó casi 13 minutos por delante de Lategan y, a falta de tres etapas, su ventaja en la general es de siete minutos y nueve segundos, tras la difícil jornada de Lategan.
"Es un poco desastre, para ser sincero. Ha sido un verdadero desastre, a unos 13 km nos hemos perdido. Pensamos que habíamos perdido el waypoint, pero en realidad lo teníamos", dijo Lategan.
"No fue muy bien y cuando nos perdimos pinchamos una rueda y al final pinchamos otra.
"Ha sido un día complicado, pero no es el fin del mundo. Pero es un día un poco decepcionante".
Guy Botterill, que había luchado por la victoria de etapa el lunes antes de terminar segundo por detrás de su compatriota Lategan, ha quedado fuera de carrera tras sufrir un accidente a los 272 km de la etapa del martes.
El argentino Luciano Benavides triunfó por segunda etapa consecutiva en la categoría de motos, y el francés Adrien Van Beveren volvió a ser segundo, mientras que el líder de la general, Daniel Sanders, terminó tercero para ampliar la diferencia en cabeza.
El australiano Sanders sacó más de tres minutos a su rival más cercano, Tosha Schareina, después de que el español llegara séptimo, y ahora tiene una ventaja de 14 minutos y 45 segundos.
La 10ª etapa del miércoles lleva la carrera de Haradh a Shubaytah.