El internacional inglés está a punto de salir por 50 millones de libras y será reemplazado por Chelsea, con Nicolas Jackson como nuevo delantero.
Watkins seguirá los pasos de Ezri Konsa, Morgan Rogers, Youri Tielemans y Lucas Digne fuera de Villa Park, ya que el equipo que ganó la Europa League la temporada pasada se ha desmantelado.
Sin embargo, Emery ha señalado que el desacuerdo sobre su disponibilidad el pasado fin de semana no debe empañar el legado de Watkins, quien ha marcado 108 goles en los últimos seis años.
Un Villa muy mermado encajó cuatro goles en los primeros 31 minutos ante Brighton y además sufrió la expulsión de Joao Gomes en la primera parte, en un inicio de temporada para olvidar.
"La semana pasada estaba un poco decepcionado. Me sentí decepcionado, pero lo hablamos y ahora está claro: es un jugador fantástico, una persona fantástica y un error no borra todo lo bueno que ha hecho aquí," comentó Emery antes de la visita del Arsenal a Villa Park el lunes.
"Se equivocó, pero lo aceptamos. Los jugadores también, porque siempre ha mostrado muy buen comportamiento y compromiso con el club y conmigo.
"Le dije 'adiós' con un gran abrazo y alguna lágrima. Pero ahora empieza una nueva etapa aquí con Nicolas Jackson."
Según informan, Jackson costará al Villa unas 47,5 millones de libras más otros 17,5 millones en variables.
El portero Emiliano Martinez está a punto de tomar el camino inverso para unirse al Chelsea y sumarse al éxodo del Villa.
El club se ha visto obligado a vender a muchas de sus estrellas por las normas de sostenibilidad financiera. Sin embargo, Emery está decidido a seguir impulsando al equipo tras haber logrado la clasificación para la Champions League en dos de las últimas tres temporadas y poner fin a una sequía de 30 años sin títulos.
"No queremos ser un club vendedor, pero la responsabilidad está ahí," añadió el técnico español.
"Esto no cambia nuestro objetivo. Nuestra prioridad para la próxima temporada es ser competitivos y volver a luchar por estar en los puestos de arriba."
Emery confía en que Jackson pueda ser inscrito a tiempo para enfrentarse al campeón de la Premier League, Arsenal, mientras que Leon Goretzka también podría debutar tras llegar libre desde el Bayern Munich.