El club de Río de Janeiro se medirá por el trofeo ante el campeón de Europa, Paris Saint-Germain, en Doha.
Ambos goles llegaron de cabeza tras jugadas a balón parado.
Pereira se impuso por arriba a la defensa de Pyramids en el minuto 24 y cabeceó el balón al fondo de la red.
Danilo apareció en el segundo palo en el minuto 52 y su remate de cabeza picado superó al portero Ahmed Elsennawy.
La Copa Intercontinental reúne a los campeones de las seis confederaciones continentales en un formato reducido, que busca no eclipsar el Mundial de Clubes de 32 equipos, lanzado el año pasado por la FIFA y que se celebrará cada cuatro años.
Flamengo, que conquistó la Copa Libertadores hace apenas dos semanas, ha vencido 2-1 a Cruz Azul de México en los cuartos de final, conocido como el 'Clásico de las Américas', el miércoles.
Como campeón de Europa, el PSG se ha clasificado directamente para la final.