El delantero de Tottenham "sufrió una lesión en la mandíbula inferior el sábado 8 de noviembre ante Manchester United", según la FFF.
Kolo Muani fue sustituido en el descanso, en el empate del Tottenham ante United en la Premier League.
Tras el partido, el técnico del Tottenham, Thomas Frank, no especificó la lesión del francés y solo comentó que "no era nada grave".
Kolo Muani era el segundo máximo goleador internacional de la convocatoria, con nueve goles con Francia, solo por detrás de Kylian Mbappe, que suma 53.
Kolo Muani se ha convertido en la última baja ofensiva para el seleccionador francés Didier Deschamps.
El dúo del Paris Saint-Germain, Ousmane Dembele y Desire Doue, están lesionados. Marcus Thuram acaba de regresar a la competición con el Inter de Milán tras más de un mes fuera por una lesión en el muslo y no ha sido convocado.
Thauvin, de 32 años y jugador del Lens, campeón del Mundial, volvió a la selección en octubre seis años después de su última aparición y marcó su segundo gol internacional en la contundente victoria 3-0 ante Azerbaiyán.
Una victoria frente a Ucrania el 13 de noviembre en el Parc des Princes aseguraría la clasificación de Francia al torneo en Norteamérica.
Si no lo logran, los Bleus tendrán otra oportunidad ante Azerbaiyán en Bakú el 16 de noviembre.