Škriniar llegó como agente libre procedente del Inter de Milán en julio de 2023, pero no logró destacar en París a las órdenes de Luis Enrique (sólo jugó cinco partidos de Ligue 1 en la temporada 2024-2025).
Fue cedido al Fenerbahçe en enero de 2025, donde disputó 23 partidos en todas las competiciones, marcando tres goles y dando una asistencia.
Con José Mourinho, Škriniar ha recuperado minutos de juego y confianza. Su agente indicó en su momento que el regreso al PSG no estaba en los planes, ya que el jugador se sentía plenamente integrado en Estambul y apreciado por el vestuario turco. Ha firmado un contrato de cuatro temporadas con el Fener por 10 millones de euros, primas incluidas.