Lee, que compartió el liderato durante la noche con Elizabeth Szokol, salió por el tee del 10 en el Seaview Hotel & Country Club y consiguió cuatro birdies en sus primeros nueve hoyos.
Tras su doble bogey en el octavo, terminó con un último birdie para un total de 131 golpes, 11 bajo par, y una ventaja de un golpe sobre las japonesas Mao Saigo y Ayaka Furue y las estadounidenses Jennifer Kupcho y Szokol.
Lee, de 36 años, cuya carrera se ha visto lastrada por múltiples lesiones, había comenzado la prueba de 54 hoyos con un impresionante 63.
"Hoy ha sido un día totalmente diferente, y sabía que iba a ser un día completamente diferente, así que no tenía ninguna expectativa", declaró. "Sólo estaba jugando al golf, divirtiéndome. Hice algunos birdies en los nueve primeros, fue divertido".
Saigo, que ganó su primer título importante en el Chevron Championship en abril, firmó una tarjeta de 67 golpes, destacada por un albatros en el hoyo 3, par 5, donde embocó desde 214 yardas con una madera siete.
"Es la primera vez", dijo Saigo, que no pudo ver cómo entraba la bola, pero que supo que lo había hecho por la reacción del público que rodeaba el green.
Furue se adjudicó el segundo puesto con un 66 sin bogeys, mientras que Kupcho firmó la ronda más baja del día con siete birdies en su 64 bajo par, coronada por un birdie-birdie en el ocho y el nueve.
Szokol también se sobrepuso a un doble bogey y firmó cuatro birdies en un 69 que calificó de "bastante bueno" tras el 63 del viernes.
"Es difícil superar el resultado de ayer", declaró Szokol. "A pesar de todo, ha sido un día muy sólido, en el que he pegado muy buenos golpes y he embocado muy buenos putts al principio para salvar el par. Terminé con un birdie, así que me voy con una buena nota para mañana".