Ya vencedor en la etapa inaugural, Merlier terminó por delante del neerlandés Groenewegen en un esprint masivo para alcanzar la 52ª victoria de su carrera.
El británico Tom Pidcock, que se impuso el miércoles, conservó el primer puesto de la general con ocho segundos de ventaja sobre el austriaco Rainer Kepplinger.
La etapa del jueves quedó marcada por la grave caída en el último kilómetro de Eekhoff, desequilibrado por otro ciclista.
"Fue trasladado al hospital para pasar exámenes", indicó su equipo, Picnic.